1. Панели Локаль-Сервер обязательно дополнить вариантом Сервер-Сервер. А заодно, если уж сделают, то и Локаль-Локаль. Есть очень большая потребность перекидывать файлы на сервере, что в настоящий момент весьма затруднительно.
Remote-remote: For a start see https://winscp.net/eng/docs/faq_fxp
Local-local: We are considering this.
2. Возможность менять местами панели.
See Swap panels option at:
https://winscp.net/eng/docs/ui_pref_commander