You can use transfer queue for this.

• Disable "queue processing" in menu/toolbar/preferences:
  https://winscp.net/eng/docs/ui_queue#manage
  https://winscp.net/eng/docs/ui_pref_background#background_transfers
  
• Add all the files you want to update to the queue.
  
• And re-enable queue processing.
  

---

Also, with SFTP protocol, files can be transferred via temporary file, preventing the partially overwritten files problem. It's by default enabled for files over 100 KB. But can be enabled for all files:
https://winscp.net/eng/docs/ui_pref_resume

I would appreciate something like a "transactional file transfer". A "simulate transfer" mode would be enabled, where dragging files wouldn't actually overwrite anything yet — it would just create a list of what needs to be moved or updated and in what order. Then, by clicking "execute," all the files would be transferred to the "clicked" destinations. Ideally, everything would only be overwritten at once after all the files have been successfully transferred.

It often happens that I need to transfer, say, 10 files, and upgrading even a single file can crash the website, because a successful upgrade depends on updating the other 9 files as well — and manual dragging takes time. This temporary incompatibility between the files, before everything is manually updated, often causes the site to crash.

I would also appreciate if files were only overwritten after they have been fully uploaded to the server. Sometimes when I'm upgrading a file, a network error occurs during the transfer, leaving the file only partially overwritten — resulting in a broken website.

J.

---

Ocenil bych něco jako transakční přenos. Zapl by se nějaký mód "simulovat přenos", přetahováním souborů by se nic nepřepisovalo, pouze by se vytvořil seznam co se kam má co přesunout/aktualizovat a v jakém pořadí. Poté by se kliklo na spustit a vše by přeneslo soubory do "naklikaných" cest. Ideální by bylo kdyby se vše přepsalo najednou až poté co se vše přenese. Často se mi stává že potřebuju přenést třeba 10 souborů a každé upgrade 1-ho dalšího souboru může zbořit web protože pro úspěšný upgrade je potřeba přepsat/aktualizovat dalších 9 souborů což ručním přetahováním trvá nějaký čas. Tato dočasná nekompatibilita než se vše ručně aktualuizuje dost často zboří web

Taky bych ocenil kdyby se soubory přepsali až po tom co jsou komplet na serveru, upgraduju takhle nějaký spubor mezi tím nějaká chyba v síti a soubor je z půlky nepřepsaný = zbořený web

J.